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灵芝从神话中的“瑶姬”化为“萄草”，又经过深化而出现了“六芝”，经历了相当长的时间，在东晋之前古籍中没有“灵芝”之说。“六芝”的出现无疑是古人对芝类认识的发展。吴谱等在《神农本草经》和葛洪的《抱朴子》中主要根据颜色划分“六芝”。葛洪曰“赤者如珊瑚，白者如截脂，黑者如泽漆，青者如翠羽，黄者如紫金。皆光明洞察，如坚冰也”。葛洪又按质地分“五芝，即石芝、木芝、肉芝、菌芝和草芝。”梁代陶弘景在《本草经集注》中也是依据色泽不同论述“六芝”。明代李时珍则进一步从性味和药效功能进行“六芝”分类。
时珍曰“芝类甚多，亦有花实者，本草惟以芝标名，然其种属不可不识。”说明芝类众多，“六芝”只能是对当时知道的灵芝按六类标名，而不是六种。既然如此分类便有其代表种。不过我们今天很难用现代真菌分类学观点对每一类的代表种命以准确的拉丁学名。现在专家对“六芝”认识是一种群体概念，每一种所代表的一个群体。
中国科学院微生物研究所的赵继鼎教授曾多年从事灵芝等多孔菌的分类学研究，他根据《本草纲目》和《别录》中对“六芝”的记载，应用现代已知有关种做了对比分析如下
1.青芝，又名龙芝。他认为云芝（Coriolus versicolor）可能是青芝。此种真菌盖革质，表面有绒毛，色彩变幻，这与《抱朴子》中讲的青芝如翠羽有相似之处，又具有药用价值。
2.赤芝，又名丹芝。认为赤芝便是今天熟悉的灵芝（Ganoderma lucidum）。类似赤芝的还有松杉灵芝（G. tsugae）等。其菌盖表面褐黄色，褐红色，具油漆光泽，又有一个表面光滑的菌柄。
3.黄芝，又名金芝。根据《抱朴子》记载黄者如紫金，大者十余斤，小者三四斤，凡求芝草入名山，必以三月九月。他认为是硫黄多孔菌（Laetiporus
sulphureus），此种肉质，黄色，老后变硬而脆。
4.白芝，又名玉芝。根据白色等特点，他认为可能是苦白蹄即药用层孔菌（Fomitopsis offcinalis）。此种形如马蹄，可达数斤，生松等针叶树上，亦可药用。
5.黑芝，又名玄芝。认为黑芝可能是假芝（Amauroderma rugosum）。此种菌盖黑色，新鲜时伤处变血红色，具黑色长柄。认为也可能是黑柄多孔菌（Polyporus
melanopus），也是黑盖和黑色长柄。
6.紫芝，又名木芝。认为紫灵芝（中国灵芝）（G. sinense）。此种菌盖褐色，紫黑色至近黑色，菌肉均为褐色至栗褐色，并具长的菌柄。
对于“六芝”赵继鼎先生是按照我国目前已知灵芝科的种和一些不属于本科的多孔菌作了初步考证。如果我们根据“本草”记载并结合当时有关芝类图对比，就会发现上述代表种中像云芝、硫黄多孔菌、苦白蹄、黑柄多孔菌均与有关图不符。仅有赤芝、皱盖假芝、紫灵芝比较接近有关的“六芝”图。
宋代陈仁玉的《菌谱》所示黄芝图与硫黄多孔菌形态比较，后者不属于灵芝类。苦白蹄与白芝、青芝和云芝形态相差甚远，又不是同一科。岩崎园所著《本草图谱》中的青芝图属典型的灵芝形状，白芝和黄芝图也是如此。隋代《太上灵宝芝品〉中所述赤玉芝、青玉芝、龟威芝、生金芝从图所示，其形态均不属于灵芝类，而是蘑菇及其他真菌，有的甚至是具有宗教色彩超自然的图象。所以要想考证清楚“六芝”是比较困难的，有待进一步考究。
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