灵芝除了含有多糖和三萜类化学成分以外，还含有核苷类、甾醇类、生物碱类、氨基酸多肽类和呋喃衍生物等化学成分。
一、核苷类
核苷类是具有广泛生理活性的一类水溶性成分，余竞光等从薄盖灵芝菌丝体中分离得到五种核苷类化学成分，其中灵芝嘌呤是新化合物。Shimiz等人从赤芝子实体中也得到四种核苷类化合物。灵芝中核苷类化合物的提取方法一般是将灵芝菌丝体乙醇提取物浓缩后溶于水，依次以乙醚、乙酸乙酯萃取，萃 取后的水溶液通过阳离子树脂处理，流出的溶液及水洗液通过大孔树脂色谱，得到尿嘧啶核苷、尿嘧啶。交换后的阳离子树脂用NH4OH处理，依次用乙醇、水洗脱。95%乙醇洗脱部分经硅胶柱色谱及制备薄层色谱得到腺嘌呤、腺嘌呤核苷和灵芝嘌呤等。这几种核苷类的结构如下：
由赤芝孢子粉和薄盖灵芝菌丝体制成的增肌注射液在临床上广泛应用于进行性肌营养不良，萎缩性肌强直等疾病的治疗，并有较好的疗效。动物实验证明尿嘧啶和尿嘧啶核苷对实验性肌强直症小鼠血清醛缩酶有降低作用。SHimizu等人发现腺嘌呤核苷有很强的抑制血小板凝集血小板凝聚的作用和镇静、抗缺氧及促进心肌组织摄取86Rb的作用。
二、甾醇类
灵芝中甾醇含量比较高，仅麦角甾醇含量就达千分之三左右。已知从灵芝中分到的甾醇有近二十种，其骨架分为麦角甾醇类和胆甾醇类两种类型，甾醇类化合物有麦角甾醇（ergosterol），麦角甾醇棕榈酸酯（ergosta-palmitate）；麦角甾-7，22-二烯-3-酮（ergosta-7,22-dien-3-one）；羊毛甾-7，9（11），24-三烯-3β，21-二醇（lanosta-7,9(11),24-trien-3β,21-diol）；麦角甾-7，22-二烯-3β-醇（ergosta-7,22-dien-3β-ol）；5α-豆甾烷-3.6-二酮（5α-stigrmastan-3.6-dione）；β-谷甾醇（β-sitosterol）；24-甲基胆甾-7-烯-3β-醇[（24s）-24-methyl-5α-cholest-7-en-3β-ol]；麦角甾4.6,8(14),22-四烯-3酮（ergos-ta-4,6,8(14),22-tetra-en-3-one）;24(s)-24—甲基5α-胆甾-7，16-二烯-3β-醇，[(24s)-24-methyl-5α-cholest-7,16-dien-3β-ol]；异麦角甾酮（iso-ergosteion)；以及麦角甾醇过氧化物（ergosterol peroxide),ergosta-7,22-dien-3β-yl linoleate,5α,8α-epidioxyergosta-6,22-dien-3β-yl lionleate,ergosta-7,22-dien-2β,3α,9α-triol等。
甾醇类化合物的提取分离多以乙醇提取原料，然后用乙醚萃取，再用NaHCO3水溶液萃取乙醚溶液，除去酸性部分，然后用硅胶柱层析分离甾醇类化合物，甾醇类化合物的生理活性报道很少。
三、生物碱类
灵芝中的生物碱含量比较低，仅从野生灵芝、赤芝孢子粉、薄盖灵芝中分到过生物碱，有胆碱（choline）；甜菜碱（betains）及其盐酸盐γ-三甲胺基丁酸（γ-butyrobetaine），灵芝碱甲（ganoine,I），灵芝碱乙（ganodine,II）。
灵芝生物碱的分离一般是用乙醇和水相继提取，提取物经乙醚脱脂，水溶部分采用雷氏盐沉淀法或树脂法得到含氮部分，再经薄层色谱和制备薄层色谱得到单体生物碱。
灵芝中生物碱虽然含量较低，但有些具有一定的生物活性，γ-三甲胺基丁酸在窒息性缺氧模型中有提高存活时间的作用，以及能使离体豚鼠心脏冠脉流量增加。甜菜碱临床上将其和N-脒基甘氨酸（glycocyamine）共用以治疗肌无力[18]。
四、呋喃衍生物
灵芝中的呋喃衍生物类是从发酵的薄盖灵芝菌丝体乙醇提取物乙酸乙酯溶解部分经硅胶柱色谱得到的，有以下几种化合物，并未见生理活性的报道。
1.R=CH2OH(5-羟甲基呋喃甲醛) 1,1′=α-糠醛基二甲醚
2.R=CH2OCOCH3(5-乙酰氧甲基呋喃甲醛)
3.R=CH2OC4H9(5-丁氧甲基呋喃甲醛)
五、氨基酸多肽类
灵芝中的氨基酸有天门冬氮酸、谷氨酸、精氨酸、赖氨酸、鸟氨酸、脯氨酸、丙氨酸、甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、缬氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸、γ-丁基氨酸等，并发现有含硫氨基酸，其结构经X-衍射分析确定为硫组氨酸甲基内铵盐。其结构如下：
实验证明天门冬氨酸、谷氨酸、γ-氨基丁酸、酪氨酸、精氨酸、赖氨酸、亮氨酸、丙氨酸等可以提高小鼠窒息性缺氧的存活时间。
从灵芝中还分到多肽类化合物，其中有两种中性多肽，一种水解后鉴定含有亮氨酸、酪氨酸、缬氨酸、脯氨到、丙氨酸、精氨酸、天门冬氨酸、甘氨酸等八种氨基酸；另一种多肽可使小鼠窒息性缺氧的存活时间由21min50s提高到45min47s。水解后鉴定含有苯丙氨酸、酪氨酸、脯氨酸、丙氨酸、甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、天门冬氨酸等。分离到的酸性多肽经水解得到十一种氨基酸，碱性多肽经水解得到四种氨基酸，初步确定氨基酸排列次序是鸟氨酸—甘氨酸—脯氨酸—脯四肽。
氨基酸的分离采用色谱、电泳双向色谱等方法，与已知品对照，茚三酮显色，进行鉴定，近年来仪器的发展使得氨基酸分析更现代化，用氨基酸分析仪即可得到各种氨基酸的数量和含量。肽的鉴别是靠高压电泳及双向色谱方法。
六、无机元素
灵芝中含有多种微量元素，有Mn，mg，Ca，Cu，Ce，Sr，Ba，Zn，Fe，P，B，Cr，Ni，V，Ti等，灵芝的锗（Ge）含量与一般植物相似，但它对锗的富集能力比较强，很多研究者将无机锗加入灵芝培养基（液）中以得到较高含量的有机锗。锗并非灵芝的主要有效成分。
七、其他
从灵芝中还得到一些脂肪酸、长链烷烃等，有苯甲酸、硬脂酸、棕榈酸、十九烷酸、廿二烷酸、廿四烷酸、卅一烷、廿四烷，还有甘露醇、海藻糖、烟酸等。
关于灵芝及其制剂的质量控制问题。
灵芝及其制剂在临床上应用比较多，其质量控制问题一直是许多生产厂家和科研工作者研究的课题，但在这方面的报道并不多，根据我们多年对灵芝的研究的经验，认为应以多糖和三萜的含量做为栽培和野生灵芝的质量控制标准，这是因为灵芝含有较多的多糖，而且这些多糖大多具有提高免疫功能的作用，这与灵芝滋补强壮、扶正固本的作用是一致的。灵芝中含量比较高的另一类成分是三萜，而且一些三萜化合物已在几个方面表现比较强的生理活性，因此三萜含量的测定可以作为灵芝的质量控制标准之一。